首先，卖方客户需要将其现有的所有应收帐款进行并帐，根据不同的买方填制《未结发票清单》，提供会计帐务及原始凭证，并将经过并账处理后的应收帐款一次性地转让给保理商。由保理商的单据处理部门对应收账款进行检查，剔除逾期的、未发货的、买方破产的、债权不完整的、存在争议的发票，确保转让的应收账款全面准确的反映卖方现实的业务情况。
然后，保理商根据审核后的应收账款在保理系统中为卖方建立相应的销售分户账和融资帐户，处理日常的保理业务并进行帐务处理。
在有些情况下，卖方的并帐工作会被省略。保理商不对卖方建帐以前的业务负责，只管理建帐后的业务。换句话说，卖方不把以往发生的应收帐款一次性地转让给保理商，而是将新发生的应收帐款转让给保理商。
并帐和建立销售分户帐的工作，是在账户经理的协助和指导下完成的。帐户经理还要负责日常记账和维护工作，管理应收账款，记录保理商、卖方、买方三方之间的债权债务变动情况，控制额度使用，并根据账户的表现和变化趋势提供对账单和相关的销售和财务分析报表。同时客户经理应为每一个卖方开立一个保理专户或签订账户监管协议，用于买方付款。
导入通知与应收帐款报告
在完成了建帐和风险评价后，卖方应以自己公司的函头纸，根据保理商固定的格式，制作《保理业务导入函》，发给每一个现有的买方客户及未来的新增客户，通知他们在应收帐款的债权方面保理商与卖方有了一项新的业务安排，这种安排会给买卖双方的贸易带来好处。其作用是在保理业务开始前告知各个债务人，为下一步的应收帐款的转让和债务人付款奠定基础。
如果卖方将销售分户帐中现有的应收帐款全部转让给了保理商，并已完成了账户转移工作，保理商有时会直接向每一位买方寄送一份《有关xx公司已转让的应收帐款的通知》，目的主要在于：一是告知买方报告中所列出的应收帐款已经转让给了保理商，今后，涉及这些应收帐款的付款应当直接付给保理商；二是验证买卖双方各自的债权债务记录是否一致。如果出现不一致的情况，便于及时被发现。（除非客户特别要求，我行暂时不鼓励这种做法。）
二、发票处理
发票转让与转让通知
卖方履行贸易合同，发货并出具发票，代表应收账款成立。根据保理协议的安排，卖方应将发票代表的应收账款债权转让给保理商，要求卖方在出票的同时，向买方出具《应收账款债权转让通知》，以表明该笔应收帐款的债权已转让给保理商，买方只有向保理商付款才能够解除债务。根据法律规定，债权转让通知是债权转让对债务人发生效力的条件，即如果债权转让未通知债务人，则该转让对债务人不会产生任何约束力。因此，债权转让通知在保理业务中是非常重要的，它直接影响到保理商的债权人地位，以及保理商相对于债务人所拥有的权利。此外，我国的法律规定，债权转让需由卖方（原债权人）履行通知义务，债权的受让人对债务人所进行的通知往往不具备上述法律效力。因此，在保理业务中，债权转让通知都是以卖方的名义进行的。
在国际保理业务中，债权转让通知通常不以独立的法律文件的形式出现。一般会在发票上加注债权转让通知文句，保理商事先制作好印有转让通知文句的不干胶贴，当卖方出具发票时，将胶条粘贴在发票上。
卖方要向保理商提供内容完全相同的发票或发票副本，其作用主要是为了完成应收帐款向保理商的转移和作为保理商记账的依据。
发票列表
卖方提交发票的同时应提交《保理业务申请书》，内含发票列表，列明所提交发票的细节，包括买方名称、发票号、金额、赊销期限、价格条款及合计金额，格式一般由保理商预先提供。
发票列表的主要目的是一方面减少卖方错开发票的可能，另一方面卖方必须非常注意买方各项联络地址的准确性，包括注册地址、通讯地址等。特别是买方客户的联络地址或寄送账单的地址与通常的营业地址不同的时候更是如此，这对于保理商能够日后顺利地承担起应收帐款管理、收帐和催收工作而言是十分重要的。
保理商在收到发票及发票列表后应认真的进行核对，降低卖方出错的几率。保理商将每周应向卖方提供《发票及贷项清单报告》。
贷项清单/更换发票
贷项清单是卖方用于减少发票金额的重要工具。在许多情况下，卖方需要减少发票金额。例如，开错发票金额或是买卖双方协商降价等。在日常业务中可能会出现多种可能，需要冲减发票金额的情况在所难免。贷项清单是卖方冲减发票金额的主要工具。当保理商收到卖方提交的贷项清单后，会在卖方的账户中做出与接收发票相反的记账从而冲减发票金额。
在中国，由于没有使用贷项清单的商业传统。当发生发票减额时，通常会采用退换发票的方式来处理。因此，在中国的保理业务中不会出现贷项清单的业务处理。但是，更换发票的情况会经常发生。需要我们注意的是，当更换发票的现象频繁发生时，会导致债权稀释，从而影响到保理商的融资安全。
接受转让或拒绝
保理商收到卖方的发票列表后，会对发票列表以及所附的发票进行必要的审核。审核的要点主要有：发票列表与所附发票内容是否一致；发票列表是否经有权签字人签发；发票是否过期；发票的金额、币别记载是否正确，货品、付款条件是否与卖方日常的交易一致；是否存在重复开票或虚开发票的可能；是否进行了应收帐款债权的转让通知。
保理商对发票进行必要的审核后，将会确认发票所代表的应收帐款债权，接受卖方的转让并将发票逐笔记入各个买方的账户中。我们必须注意的是，保理商接收发票与接受转让是不同的两个行为，具有不同的法律效果。只有保理商接受了发票所代表的应收帐款，应收帐款的债权才实现转让，接受应收帐款债权转让的标准通常是以保理商将该笔债权记入卖方的账户中为准。
保理商在接收发票后也可能会做出拒绝接受的反应。一般而言，保理商拒绝接受发票的原因是有限的。这些原因包括：发票记录不够清楚；发票中出现计算错误，发票逾期或重复出票等。被拒绝接受的发票金额不会被记入卖方的账户中。
顺便一提的是，贷项清单的操作采用相同的方法。
保理商收款
帐户经理在月末会向每个买方提供《应收账款月报》，标明尚未到期但即将到期以及已经到期或已经逾期未付的应收账款，它能够起到对帐作用并提示买方恰当安排未来的资金，从而对买方的应付账款管理起到一定的辅助作用，在一定程度上有预先催收的性质。
客户经理根据《应收账款月报》，在应收账款到期前一周内提示买方付款，针对大额和集中到期的发票应尽早与买方沟通，作出还款的时间安排。监督买方将款项付至保理专户或监管账户，避免出现间接付款造成卖方挪用资金。
收款的记账工作一般是通过保理系统来完成的。当收到买方的付款时，帐户经理会将买卖双方的编号以及收款金额输入，保理系统便会自动识别卖方与买方的账户并做出相应的入帐处理。通常情况下，应按照发票核销，如买方未提供发票编号，应首先冲销敞口期限最长的发票。保理商应每周向卖方提供《买方付款情况报表》，记录买方的付款情况，供保理商与卖方之间对帐使用。
如果买方没有将款项直接付给保理商，而是付给了卖方。这种现象被称为间接付款。例如，买方以签发支票或者银行承兑汇票的方式向卖方支付款项，或者买方直接将货款汇入卖方的银行账户等。发生这种情况，保理商会要求卖方将收到的款项立即支付给保理商，如果是票据形式的收款，卖方应将票据背书转让给保理商。一般在保理业务开展初期，由于买方的疏忽会发生，此时应提示买方注意保理业务的安排，避免这种情况的再次发生。如果叙做业务的过程中买方突然没有遵循要求或者频繁发生间接付款现象，保理商应注意防范卖方潜在的风险。