依据《公司法》的规定有限公司属于人合兼资合公司，与股份公司纯资合公司的最大的区别在于：有限公司可以同股不同权，而股份公司必须同股同权。
故有限公司股东的出资比例与持股比例及表决权比列原则上应当相同，但由于其人合因素导致有限公司的股东在例外情况下，出资比例与持股比例及表决权比例可以不同，以适应司法实践的具体需要。
一、有限责任公司股东可以约定不按实际出资比例持有股权。
最高人民法院民事判决书(2011)民提字第6号判决认为：股东认缴的注册资本是构成公司资本的基础，但公司的有效经营有时还需要其他条件或资源，因此，在注册资本符合法定要求的情况下，我国法律并未禁止股东内部对各自的实际出资数额和占有股权比例做出约定，这样的约定并不影响公司资本对公司债权担保等对外基本功能实现，并非规避法律的行为，应属于公司股东意思自治的范畴。
二、公司章程有权规定股东不按照按照出资比例行使表决权。
《公司法》第四十二条股东会会议由股东按照出资比例行使表决权;但是，公司章程另有规定的除外。
三、股东的出资比例和持股比例不一致的约定，需经有限责任公司全体股东一致同意方可生效。
尽管有限责任公司股东出资比例和持股比例是否一致属于股东意思自治的范畴，但是，为了防止出现大股东或者多数股东欺压小股东或者少数股东的情况，应严格限制该约定的生效条件为全体股东一致同意。
综上，有限公司股东的出资比例与持股比例和表决权比例，在经过公司章程或股东全体一致同意后，三者可以不是同一比例。