一、章程的制定与修改应符合法律行政法规的强制性规定
在制定或修改公司章程时，应注意三个问题：一是制定或修改公司章程的权利属于股东会；二是制定或修改公司章程须以股东会决议进行；三是制定或修改的公司章程不得违背公司法的强制性条款。公司章程的制定由股东会通过后，股东在公司章程上签名或盖章，然后向工商行政管理机关申请设立登记。公司章程的修改应遵循以下程序：首先由董事会提出修改公司章程的提议，并提出公司章程的修改草案；其次将修改公司章程的提议通知其他股东；第三由股东会对公司章程修改条款进行表决。修改公司章程的决议必须经代表2/3以上表决权的股东通过并制作股东会决议。关于公司章程修改的股东会决议作出后，公司应向工商行政管理机关申请变更登记。
二、章程的制定与修改要与公司治理有机地结合
我国有限公司治理的模式大多由股东会、董事会和监事会构成，股东会是公司的权利机构，董事会是公司的执行机构，监事会是公司的监督机构。在制定和修改公司章程的过程中，要将三大机构与公司治理有机结合，以致发挥最大功效。如何做到有机结合，则应注意以下几个问题：
1、应规定明确、详尽的股东会议事规则，使股东会的召集、表决、决议的制定、通过等系列问题有章可循。同时，应将股东、股东会的权利义务制定得详尽并具有可操作性。
2、应规范董事会的运作。规范董事会的运作，一是要明确董事会的权力范围，尤其要使董事会和股东会之间权力配置明晰化；二是要规范董事任免规则、建立规范的董事资格，候选人推荐、评审、股东大会选举、罢免等规则，同时明确董事只能由具有完全行为能力的自然人担任；三是要建立健全董事会议事规则，包括对董事会会议的召集、通知、出席有效人数、议题的准备、表决方式、效力、代理、记录、信息披露等内容做出明确、具体的规定；四是要强调董事勤勉义务，要求董事不但要遵守法律、法规和章程，还要强调其忠实义务和勤勉义务，禁止董事越权、侵占公司财产、挪用公司资金，利用职务便利损害公司利益等。
3、应充分发挥监事会的作用。不但要明确监事会、监事的权力、义务，还必须完善监事会构成及议事规则，更重要的是要明确监事会行使权力的途径及保障，使监事会能真正起到监督的作用。
三、尽可能地完善公司章程内容使之切实可行
由于法律规定往往过于原则，在实际运用中缺乏可操作性，公司章程自身要解决的问题就是将这些原则性的规定细化，使其具有可操作性。因此，制定一部规范、科学的公司章程会使公司及股东有章可循，避免股东之间发生纠纷。公司的股东和发起人在制定公司章程时，必须考虑周全，规定得明确详细，以免产生歧义。
1、法定记载事项必须予以载明。我国《公司法》第25条所规定的前十个方面的事项，都是公司得以设立和运营所必不可少的，任何事项的遗漏，都会造成公司章程的无效，从而公司也就无法注册登记。因此，在制定有限责任公司章程时，要特别注意将章程规定的内容涵盖所有必要记载事项。另外，关于这些必要记载事项的规定，还必须做到合法、真实、明确，内容不得与《公司法》及其他法律、法规的规定相违背。
2、任意记载事项必须合理合法。章程内容是股东之间的约定，只要意思表示真实，不违反法律强制性规定，就是合法有效的。因此，公司的章程应充分考虑公司自身情况，将可以考虑到的、易产生纠纷的情况规定清楚、详细，对法律没有规定或规定不够具体的内容进行细化和补充。
具体条款设置中的法律风险防范措施：
（一）关于股权的转让
公司法第72条关于股权转让的规定使得有限责任公司股权转让规则成为选择适用条款。即公司可以在章程中制定与公司法不同的股权转让规则，包括转让条件、转让方式和转让程序等。只有在公司章程没有特别规定股权转让规则或者无法进行补充规定的情况下，才适用公司法对有限责任公司股权转让规则的规定。这实质上是赋予了公司股东自行决定股权转让规则的权利。那么，在制定公司章程时，股东就应当具有强烈的权利意识，通过充分协商，对股权转让这一涉及股东个人和公司整体利益的重大事项做出详细规定。事实上，新法对于股权转让规则的规定本身对各类公司而言也具有很好的参考价值。新法规定：“股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意……不购买的，视为同意转让”。第四款规定“公司章程对股权转让另有规定的，从其规定”。同时，我们也应认识到，公司法这样的规定只是原则性的表述，如何理解“必须经其他股东多半数同意”或如何确认有效送达等并进行适当操作，理论和实践上均存在着不少争议。假设某公司只有两个股东，其中一个股东拟向外转让股权，该如何操作，如果公司章程对此没有规定详尽的操作程序，很可能会引起两个股东间纠纷和摩擦。因此，对于此内容，章程应结合本公司的实际情况作出详细的规定。
（二） 关于股东会的决议事项
公司法第38条列举了股东会行使的十二项职权，这十二项职权中仅有个别事项是法律规定的特别决议事项。对于其他重大影响的事项，诸如发行公司债券、董事或者经理可以同本公司订立合同或者进行交易等事项，如果章程没有列入股东会特别决议事项，一旦出现类似情况，容易引发股东争执，其法律风险是不可忽视的，只是简单地重复公司法的规定的公司章程没有太大的意义和价值，且发生纠纷或诉讼的概率就会增大。因此，针对公司的自身情况，各投资人也可以在自治范围内充分约定其他职权。例如，发行公司债券是否需要股东会作出特别决议等等。再如，董事在任期届满前，股东会可以依哪些事由解除其职务以及解除职务的程序和方法。不详细的内容会使公司内部决策、执行、监督环节的人为摩擦不断增多，企业运营风险也会加大。
（三）关于股东会和董事会的关系
在公司实务中，股东会与董事会之间的关系并不是一个容易处理的问题，而且，能够引发这两个机构之间争议的，往往是一些事关公司全局的大问题。公司章程一个重要作用就是划分这两个机构的权限。然而多数公司章程只简单抄写《公司法》的规定，法律的规定具有高度的概括性，往往难以直接进行操作。例如，公司法第38条规定，股东会有权决定公司的经营方针和投资计划。第47条规定，董事会有权决定公司的经营计划和投资方案。然而，法律缺乏更明细的权限说明，到底何种程度是经营方针，何种程度是经营计划在实践中有时难以说清。如果公司章程对此没有明确界定的话，这两大机构之间发生争议的概率就会增加，也加大了公司经营风险。
（四）关于出资瑕疵股东的权利限制
“出资瑕疵股东”是指那些没有按照公司章程规定的期限或数额缴纳所认缴的出资额的股东。股东对于公司最基本的义务在于出资，只有履行了出资义务，才能够获得实际的股东权利，这是权利义务相一致的法律原则的本意，如果不加限制地让瑕疵股东行使完全的股东权利，会导致不公平的后果。笔者认为，对于出资瑕疵的股东，虽然法律并没有否定其股东资格，但是，法律也没有肯定其完整权利。那么，在未完全履行出资义务之前，在遵循现行公司法规定的承担应有的法定责任的基础上，即：出资瑕疵股东向已足额缴纳出资的股东承担违约责任、交付不足额出资的股东补交其差额，公司章程还可以限制其权利的行使，其他股东可以单独形成决议，限期出资瑕疵的股东足额缴纳出资，否则，可以终止其股东资格。这样既保护了守法股东的权利，也维护了社会利益和交易安全。