一些地方为了鼓励股权投资类合伙企业，在合伙企业转让限售股时，对不执行合伙事务的个人合伙人，按“财产转让所得”征收20%的个人所得税，对执行合伙事务的个人合伙人，则比照“个体工商户的生产经营所得”，征收5%至35%的累计所得税。部分地方对股权投资类合伙企业自然人合伙人统一按20%的税率征收个人所得税。
部分地区相关税收政策如下：
上海：不执行合伙事务的个人合伙人税率为20%，执行合伙事务的个人合伙人税率为5%~35%超额累进税率。《上海市关于本市股权投资企业工商登记等事项的通知》（沪金融办通3号）规定，执行有限合伙企业合伙事务的自然人普通合伙人，按照《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例的规定，按“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%-35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。不执行有限合伙企业合伙事务的自然人有限合伙人，其从有限合伙企业取得的股权投资收益，按照《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例的规定，按“利息、股息、红利所得”应税项目，依20%税率计算缴纳个人所得税。《沪金融办通3号》同时规定，股权投资企业的注册资本（出资金额）应不低于人民币1亿元。
深圳：相关政策与上海类似。
天津：自然人有限合伙人所得税率为20%，自然人普通合伙人投资收益或股权转让收益部分的所得税率为20%。《天津市促进股权投资基金业发展办法》（津政发（2009）45号）规定。以有限合伙制设立的合伙制股权投资基金中，自然人有限合伙人，依据国家有关规定，按照“利息、股息、红利所得”或“财产转让所得”项目征收个人所得税，税率适用20%；自然人普通合伙人，既执行合伙业务又为基金的出资人的，取得的所得能划分清楚时，对其中的投资收益或股权转让收益部分，税率适用20%。值得注意的是，《天津市促进股权投资基金业发展办法》（津政发（2009）45号）并未对享受税收政策的股权投资基金规模提出约束条件。
北京：自然人合伙人所得税率为20%。北京市《关于促进股权投资基金业发展的意见》（京金融办〔2009〕5号）规定，合伙制股权基金中个人合伙人取得的收益，按照“利息、股息、红利所得”或者“财产转让所得”项目征收个人所得税，税率为20％。值得注意的是，《关于促进股权投资基金业发展的意见》（京金融办〔2009〕5号）并未对享受税收政策的股权投资基金规模提出约束条件。新疆：自然人合伙人的投资收益所得税率为20%。《新疆维吾尔自治区促进股权投资类企业发展暂行办法》（新政办法187号）规定，合伙制股权投资类企业的合伙人为自然人的，合伙人的投资收益，按照“利息、股息、红利所得”或者“财产转让所得”项目征收个人所得税，税率为20%。新疆维吾尔自治区促进股权投资类企业发展暂行办法》（新政办法187号）要求：股权投资企业（含公司制和合伙制）的注册资本（协议募集资金总额）不少于3000万元人民币、实收资本（首期认缴额）不少于1000万元人民币。
青岛高新区：自然人合伙人所得税率为20%。《青岛高新区促进股权投资基金发展暂行办法》（2010年）规定，“在高新区注册的合伙制股权投资基金和基金管理机构享受以下政策：（一）合伙制股权投资基金和合伙制股权投资基金管理企业，对外投资取得股权投资收益分配给个人合伙人的，按照《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例的规定，依20%税率计算缴纳个人所得税；（二）按上款政策执行后，有限合伙人和普通合伙人实际缴纳个人所得税高新区留成部分，根据基金规模，再给予50%-70%补贴。”（注：该办法的优惠政策适用范围暂定为2010年12月31日前签订协议的股权投资企业，后经管委同意，《办法》适用期限延长，2011年12月31日前在高新区工商注册的股权投资机构均可享受办法中规定的各项优惠政策。）
（2）股息红利所得税
根据《关于<国家税务总局关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定>执行口径的通知》（国税函[2001]84号）（以下简称“84号文”），合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入合伙企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。
根据《个人所得税法》（2011）第三条第五款，利息、股息、红利所得税率为百分之二十。因此，自然人通过合伙企业持股时，从上市公司取得的股息红利的个人所得税率为20%。
3、关于营业税
（1）限售股转让营业税
1993年出台的旧《营业税暂行条例实施细则》第三条规定：条例第五条第（五）项所称外汇、有价证券、期货买卖业务，是指金融机构（包括银行和非银行金融机构）从事的外汇、有价证券、期货买卖业务。因此，旧《营业税暂行条例实施细则》有效时，只有金融机构需要交纳金融商品买卖的营业税。
2008年修改后的新《营业税暂行条例实施细则》第十八条规定：条例第五条第（四）项所称外汇、有价证券、期货等金融商品买卖业务，是指纳税人从事外汇、有价证券、非货物期货和其他金融商品买卖业务。2009年《财政部、国家税务总局关于个人金融商品买卖等营业税若干免税政策的通知》(财税[2009]111号)规定：“对个人(包括个体工商户和其他个人)从事外汇、有价证券、非货物期货和其他金融商品买卖业务取得的收入暂免征收营业税。”合伙企业与个人独资企业不属于个人的范畴，不符合上述免征营业税的条件。所以，目前合伙企业限售股转让需要交营业税，税目是金融保险业，税率5%。
实践中，由于营业税为地方税种，由省级以及省级以下地方分配，为了鼓励股权投资行业的发展，一些地方政府会将部分乃至全部营业税返还。部分地区的合伙企业营业税相关税收政策如下：
天津：“两免三减半”。《天津市促进股权投资基金业发展办法》（津政发（2009）45号）规定，对于基金管理机构和股权投资基金，自缴纳第一笔营业税之日起，前两年由纳税所在区县财政部门全额奖励营业税地方分享部分，后三年减半奖励。
新疆：免营业税。《新疆维吾尔自治区促进股权投资类企业发展暂行办法》（新政办法187号）规定，股权投资类企业取得的权益性投资收益和权益转让收益，以及合伙人转让股权的，依法不征收营业税。
青岛高新区：“两免三减半”。《青岛高新区促进股权投资基金发展暂行办法》（2010年）规定，基金管理机构自缴纳第一笔营业税之日起，前两年对其实际缴纳的营业税高新区留成部分，给予100%的补贴，后三年减半补贴营业税高新区留成部分。
（2）股息红利营业税
营业税的征收对象为提供应税劳务、转让无形资产或者销售不动产的单位和个人，股息红利不属于营业税的征收范围，因此不需要缴纳营业税。
4、合伙企业持股税收总结
综上所述，自然人通过合伙企业持股时：
（1）合伙企业转让限售股时，合伙企业缴纳5%的营业税，按营业税附加税13%的比例，营业税及附加税为5.65%，自然人缴纳5%~35%或20%的所得税（根据不同地区政策而定），加上营业税及附加，合计税负为10.37%~38.67%（按个体工商户税率）或24.52%（部分地区）。
（2）上市公司分红时，所得税税负为20%。
实践中，为鼓励支持创投基金发展，不同地方有不同的营业税减免的规定。同时，合伙企业可以通过一些成本费用降低应纳税所得额，从而降低税负。
值得注意的是，目前国税总局不认可地方政府出台的股权投资类合伙企业合伙人20%所得税的政策，未来可能要求按“个体工商户的生产经营所得”征收5％~35％的累进税进行规范，因此地方股权投资合伙企业的税收政策面临规范调整的风险。