1、41号公告有关“混合性投资业务”税务处理的严格适用条件，使得41号公告的适用范围有限。
从已有的实际案例来看，很少有企业的“混合性投资业务”能满足41号公告规定的条件。当然，不排除未来有企业为了适用41号公告的税务处理规则，而人为设计满足41号公告适用条件的投资安排。
2、41号公告有关“赎回损益”的界定与所得税制度中的“债务重组”概念不一致。
41号公告将“赎回损益”界定为“债务重组损益”。但根据当前的会计准则和企业所得税法的相关规定，“债务重组”通常要求是在债务人发生财务困难的情况下，债权人就其债务人的债务作出让步的事项。因此，41号公告有关“赎回损益”的界定与所得税制度中的“债务重组”概念不一致。
3、41号公告的“赎回损益”税务处理与34号公告“减资”税务处理的关系
有人认为，41号公告有关“赎回损益”的税务处理规则与国家税务总局2011年颁布的《关于企业所得税若干问题的公告》（2011年第34号，或34号公告）存在一定的不一致。根据34号公告的规定，“投资企业从被投资企业撤回或减少投资，其取得的资产中，相当于初始出资的部分，应确认为投资收回；相当于被投资企业累计未分配利润和累计盈余公积按减少实收资本比例计算的部分，应确认为股息所得；其余部分确认为投资资产转让所得”。
本人认为，41号公告是讨论“混合性投资”这种特殊的创新性投资方式的税务处理，而34号公告是在对正常的股权投资过程中发生的减资行为的税务处理的规定。因此，两者的规定并不存在冲突。
4、转让价格公允性的争议
“名股实债”的投资方式中，后期“赎回价格”通常是根据最初的投资成本和一定的利率确定，而非基于转让时被投资企业的公允价值，这使得征纳双方可能对转让价格是否公允发生争议。
值得讨论的是，如果发生上述争议，如何来衡量转让价格是否公允：是以转让时被投资企业的公允价值来衡量，还是以利率是否符合市场利率来衡量。从名股实债的经济实质的角度出发，本人认为以是否符合市场利率来衡量更为合理。当然，如果“名股实债”投资方除了获取利息收益，还要部分的分享投资期间被投资企业的盈利，公允与否的判断则需要考虑投资收益中的权益收益成份可能才更为合理。
5、41号公告从企业所得税角度将“投资损益”界定为“债务重组损益”，是否影响营业税角度对“投资损益”的性质界定
国家税务总局颁布的《金融保险业营业税申报管理办法》（国税发[2002]9号）规定，“以货币资金投资但收取固定利润或保底利润的行为，也属于这里所称的贷款业务”，需要缴纳营业税。尽管国税发[2002]9号文未明确将“赎回投资”规定为一种“收取固定利润或保底利润的行为”，但从规定的立法本意来看应该足以涵盖。
而41号公告规定的是企业混合性投资业务“企业所得税”处理的规则，并未涉及是否缴纳营业税的问题。这引发了有关41号公告从企业所得税角度将“投资损益”界定为“债务重组损益”，是否影响营业税角度对“投资损益”的性质界定的争议。
原理上，税法对同一应税行为的所得税和流转税的定性应该一致。实践中，由于所得税和营业税的征管分属国税和地税部门，可能对此问题的定性出现不一致。未来期望国家税务总局能对此问题做出明确和统一。
6、41号公告对于传统的债务投资方式的冲击
除法律对投资方式有限制性规定外，大部分的债务投资都可以通过“名股实债”的投资方式来实现。相对于传统的债务投资，采用符合41号公告的“混合性投资”方式的优势在于：对被投资方而言，可以在不需要发票的情况下对支付的利息进行税前扣除，对投资方而言则可以避免通过“投资赎回”所获取的利息收益的潜在营业税。41号公告之后，是否会有更多的债务投资采用符合41号公告的“混合性”投资方式还需要进一步观察。
五、明税观点
由于41号公告严格的适用条件，某种程度上41号公告仅统一了部分符合41号公告条件的“名股实债”的税务处理问题。对于大量不完全符合41号公告的“名股实债”投资是否可以参照使用41号公告的原则仍然存在很大的不确定性，需要纳税人与税务机关做充分的沟通。
另外，由于41号公告自身存在的问题与争议，国家税务总局未来可能还会对41号公告做出进一步的补充和完善，纳税人需要对此予以关注。
（文章来源：中国资本联盟）