根据上述条例的规定，非上市公司的股权激励支出，可以在公司成本中列支，但要区别对待：
针对股权激励计划实行后立即可以行权的，确定作为当年公司工资薪金支出，依照税法规定进行税前扣除；
针 对股权激励计划实行后，需待一定服务年限或者达到规定业绩条件（以下简称等待期）方可行权的，公司等待期内会计上计算确认的相关成本费用，不得在对应年度计算缴纳企业所得税时扣除。在股权激励计划可行权后，公司方可根据该股票实际行权时的公允价格与当年激励对象实际行权支付价格的差额及数量，计算确定作为 当年公司工资薪金支出，依照税法规定进行税前扣除
2、激励对象获得的股权激励份额的税收问题
国家税务总局《关于个人认购股票等有价证券而从雇主取得折扣或补贴收入有关征收个人所得税问题的通知》（国税发〔1998〕9号） 规定，在中国负有纳税义务的个人（包括在中国境内有住所和无住所的个人）认购股票等有价证券，因其受雇期间的表现或业绩，从其雇主以不同形式取得的折扣或补贴（指雇员实际支付的股票等有价证券的认购价格低于当期发行价格或市场价格的数额），属于该个人因受雇而取得的工资、薪金所得，应在雇员实际认购股票等 有价证券时，按照《中华人民共和国个人所得税法》（以下称税法）及其实施条例和其他有关规定计算缴纳个人所得税。上述个人在认购股票等有价证券后再行转让所取得的所得，属于税法及其实施条例规定的股票等有价证券转让所得，适用有关对股票等有价证券转让所得征收个人所得税的规定。
除上述国税发〔1998〕9号，目前关于非上市公司股份期权计划并无其他政策规定。由此可以看出，非上市公司雇员应在实际认购股票等有价证券时，按照《中华人民共和国个人所得税法》（以 下称税法）及其实施条例和其他有关规定计算缴纳个人所得税。根据我国《个人所得税法》规定，工资、薪金所得，适用超额累进税率，税率为3%至45%；利息、股息、红利所得、财产转让所得和其他所得适用比例税率，税率为20%。